Avant de dévoiler la Enzo au Salon de l'Automobile de Paris 2002, Ferrari a travaillé pendant trois ans pour transférer leur savoir-faire en F1 sur une voiture de route. Au cours du développement, trois prototypes ont été réalisés: le M1, M2 et M3.
La F348 à servie de laboratoire avec un élargissement du châssis à l'arrière d'environ 250 millimètres afin d'adapter le V12 de la future Enzo. Seront adaptées aussi sur le proto des pièces de F355, de 360 Modena et de 360 Modena Challenge.
Les ailes sont faites de matériaux composites, à l’arrière elles sont amovibles pour un accès rapide au moteur. Le capot moteur est lui pourvu d’une vitre en Lexan. Les vitres arrière ont été redessinés, elles proviennent de la 360 Modena. La face arrière avec ses feux proviennent d’une F-355.
Sur le bas du pare-chocs avant une ouverture centrale apparaît pour le radiateur. Le pare-chocs arrière qui provient de la 360 Modena est modifié pour recevoir le nouvel échappement du V12. Elle reçoit aussi des jantes 18 pouces BBS avec des Pneus avant et arrière en 245/40 ZR 18 et 365 /30 ZR 18.
Ce V12 à 65° de 5998cm3 issu du savoir faire de la scudéria en F1 est montée à l'arrière en position longitudinalement, tout en aluminium.
Il développe 650ch à 7800 tr/min et est pourvu d’une injection Electronique Bosch Motronic. Il dispose d’une Boîte de vitesses semi automatique 6 rapports + marche arrière .
Les trois proto sauf 1 sont restés la propriété de Ferrari qui ne souhaite pas les vendre car ils ne sont pas garantis par Ferrari.